Otonga tiene como coordenadas 79º00´00´´ de longitud Oeste y 0°25´00´´ de latitud Sur, y se sitúa en límite de las provincias de Pichincha y Cotopaxi a una altura de 1.000 y 2.300 msnm, consta de dos pisos ecológicos: nublado alto y piemontano, los mismos que contienen diversas formas de vida. El clima es cálido y húmedo, la temperatura varía entre los 15 y 27 °C .

En Otonga se distinguen cinco cuencas hidrográficas principales. De norte a sur se encuentra el Río Toachi, Río Lulú, Río Quindigua, Río San Pablo y Río Chuquiragua. El cause de los ríos presentan es bien definido y con una velocidad de corriente mediana y rápida.

Macuhi, que rodea los sectores occidentales, centrales, nor-occidentales y sur-occidentales del BIO.
Pisayambo a en la parte sur-este
Yunguilla que forma una franja de cordillera entre Sigchos y Moyopamba
Zarapullo, conglomerado conocido también como Zarrapullo, 1.600 y 2.400 msnm, al noroeste de Otonga
Entre los volcanes de la zona se destacan: Atacazo, Iliniza y Corazón que se ubican en el extremo oriental de la zona, aproximadamente sobre los 3 400 msnm, ocupando el 5% del área tota.
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